Normalmente é com vírus, esses vírus vem com um código malicioso que tem como finalidade, gravar dados de Usuário e envia-los para a pessoa que os programou.
E tem outros tipos de Vírus que a finalidades dele é congestionar o Firewall do servidor para que o cracker possa trabalhar em cima de falhas do sistema.
A diversas outras maneiras, isso ai vai muito do sistema que vai ser invadido, e da capacidade do Cracker e claro sua imaginação ^^.
